زخم معده به طور معمول در لایه ی داخلی معده و بخش اول روده باریک به نام دئودنوم ایجاد می‌شود.تا کنون علت واحدی برای زخم معده کشف نشده است. اما به طور کلی می‌توان گفت که عدم وجود توازن میان مایعات موجود در معده و دئودنوم موجب ایجاد زخم معده می‌شود. بیشتر زخم معده ها توسط نوعی باکتری به نام هلیکوباکتر پیلوری ایجاد می‌شود.
تصور نادرستی وجود دارد که میگوید اگر آموکسی سیلین و آمپی سیلین مصرف شود، فرد به زخم معده دچار خواهد شد این درحالی است که این آنتی بیوتیک ها داروهای درمان زخم معده هستند.
